از ابتدای راه اندازی نمایه استنادی علوم توسط شرکت آی.اس.آی (تامپسون علمی) انتقادهای زیادی در مورد تعصب زبانی مبتنی بر زبان انگلیسی و دامنه پوشش مجله ها مطرح شده و می شود.  البته شرکت تامپسون علمی همواره گفته است که به خاطر هزینه بر بودن نمایه سازی و چکیده نویسی مجله های علمی قادر به پوشش کل زبان ها و کل مجله های جهان نیست. جوابی که به نظر منطقی می رسد. برای نمونه کتابخانه منطقه ای علوم و فناوری شیراز و جهاد دانشگاهی هر یک پایگاهی برای پوشش مجله های پارسی زبان راه اندازی کرده اند که فقط به مجله های تأیید شده توسط وزارت علوم و وزارت بهداشت اقدام می کنند. جهاد دانشگاهی چکیده مقاله ها و حتی اخیراً متن کامل برخی مجله ها را هم به نمایه خود اضافه کرده است، ولی کتابخانه منطقه ای چکیده ها را اضافه نمی کند. نگاهی به این دو پایگاه نشان می دهد که هر یک مشکلات ویژه خود را دارند.

 شرکت های نمایه سازی و طراحان پایگاه های اطلاعاتی معمولاً معیارهای زیادی در گزینش و نمایه سازی یک مجله در نظر می گیرند. البته اگر بخواهیم عادلانه قضاوت کنیم سطح مجله های نمایه شده توسط شرکت تامسپون یا آی.اس.آی. بالاست و برخی از آنها واقعاً جزو مجله های دسته نخست و منبع اصلی اطلاعات در رشته خود هستند.  بزرگترین مشکلی که بارها خود آی.اس.آی مطرح کرده استفاده از نمایه های استنادی برای ارزیابی و ارتقای سطح پژوهشگران و اساتید است. البته این که باید در مجله های معتبر مقاله چاپ کرد، به خودی خود بد نیست، ولی باید به مجله های در حال رشد هم توجه کرد و در سایر مجله هایی که به هر دلیلی نمایه سازی نمی شوند نیز توجه کرد. برای اندازه گیری هر چیزی به یک خط کش یا یک شاخص برای ارزیابی آن نیاز است، شاخص ارزیابی علمی و سطح تولید علمی کشورها هم مبتنی بر آی.اس.آی. است. مشکل اصلی ما به عنوان یک کشور در حال توسعه این است که مجله های ملی خود را رها کرده، ساماندهی نمی کنیم و سطح علمی و چاپ آنها را ارتقاء نمی دهیم. چگونه انتظار داریم که خارجی ها به مجله های ما توجه کنند، در حالی که بسیاری از مجله های ایرانی هنوز یک وبگاه یا یک صفحه وب مخصوص خود ندارند. خبرگزاری بازتاب خبری را منتشر کرده است با عنوان "انتقاد شديد دكتر داوري از توهم توسعه علمی درکشور!" که اظهارنظرهای زیادی را به دنبال داشته است. در نهایت باز هم سخن گارفیلد که در مقدمه شماره اول مجله علم سنجی منتشر شده است تکرار می کنم: هدف از نمایه های استنادی تسهیل دسترسی به اطلاعات علمی و بازیابی اطلاعات است نه علم سنجی و ارزیابی کشورها، دانشگاه ها و پژوهشگران. همانطور که یوجین گارفیلد بارها گفته است، هنگام استفاده از نمایه های استنادی آی.اس.آی و سایر نمایه ها برای تحلیل استنادی و ارزیابی باید به یک نکته مهم توجه کرد:

 

Citation analysis should never be used as a mechanical replacement for careful human judgment. Citation data are not meant to replace informed peer review. Even for statistical studies, where individual citation errors may not be significant, we should be aware of problems of citation indexes, such as Web of Knowledge and Scopus. There are many factors outside Thompson Scientific's control which can cause problems in interpreting citation data, especially if you are using data to obtain impressions about individuals.